Het darmmicrobioom vormt een opslag voor zowel ziekmakende bacteriën als voor genen die er verantwoordelijk voor zijn dat bacteriën ongevoelig worden voor antibiotica. Dit ontdekte Paul Stege (UMC Utrecht) tijdens zijn promotieonderzoek.
Door de samenstelling van het microbioom van gezonde Nederlanders met verschillende diëten te analyseren, stelde Stege vast dat veganisten een microbioomsamenstelling hadden die enigszins verschilde van omnivoren, pescotariërs en vegetariërs. Een mogelijke oorzaak hiervan zou kunnen zijn dat veganisten geen zuivelproducten consumeren. Het dieet leek geen invloed te hebben op de samenstelling van de antibioticaresistentiegenen (ARG’s).
Stege analyseerde in een studie met honden hoe de darmkolonisatie van de resistente bacterie Extended spectrum β-lactamase-producerende Escherichia coli (ESBL-EC) de microbioomsamenstelling en ARG’s beïnvloedt. Hij stelde vast dat honden die zijn gekoloniseerd door ESBL-EC een grotere hoeveelheid van bepaalde opportunistische pathogenen en ARG’s bij zich droegen.
Ook beschreef hij, met behulp van een organoïdemodel, hoe specifieke genen een cruciale rol spelen bij de darmkolonisatie van de Enterococcus faecium-bacterie. Ten slotte ontwikkelde Stege een instrument op basis van het CRISPR-Cas9-systeem, waarbij specifieke genen in het genoom van deze bacterie zijn uitgeschakeld. Met behulp hiervan kunnen onderzoekers wellicht de exacte rol van deze genen tijdens darmkolonisatie bepalen.
Bron: