De onderzoekgroep van hoogleraar Ruud Delwel van het Erasmus MC ontdekte met hulp van artificiële intelligentie een manier om leukemiecellen te remmen in een kweekbakje en bij proefdieren. De proof-of-concept studie is onlangs gepubliceerd in Science Advances.
Het team vond een mogelijke rem voor een agressieve vorm van AML waarbij het EVI1-gen geactiveerd is. Er is nog veel onbekend over de transcriptiefactor EVI1, maar uit het onderzoek blijkt dat EVI1 een ander eiwit nodig heeft om leukemie te veroorzaken. De onderzoekers ontdekten dat dit andere eiwit CTBP is.
De volgende stap was onderzoeken hoe EVI1 en CTBP precies in elkaar passen. Dit was geen makkelijke opgave. Transcriptiefactoren hebben namelijk niet veel structuur. De onderzoekers gebruikten daarom het AI-model AlphaFold om de 3D-structuur van EVI1 te voorspellen. AI-modellen zijn daar veel beter in dan de modellen die eerder werden gebruikt.
Zo vonden ze een stukje van EVI1 dat op zichzelf niet stevig is, maar dat wel door CTBP wordt vastgehouden. Deze bindingsplek bestaat uit 5 aminozuren genaamd PLDLS. Het team ontwikkelde vervolgens een PLDLS-remmer. Deze remmer bindt aan CTBP, waardoor EVI1dat niet meer kan doen. Bij muizen bleek de PLDLS-remmer de groei van AML-cellen te stoppen.
Bron: