Dankzij een integrale analyse van kweekgegevens en genomische analyses kan de transmissie van Klebsiella pneumoniae in zorginstellingen beter worden gevolgd. Deze resultaten van het Amerikaanse CDC Prevention Epicenter Program verschenen in The Lancet Microbe.
Er zijn onvoldoende criteria om te bepalen of een genomische koppeling in overeenstemming is met de transmissie binnen een bepaalde zorginstelling. Dit is een belangrijke barrière voor de routinematige toepassing van whole-genome sequencing (WGS) in het kader van infectiepreventie.
Van vrijwel alle 256 patiënten die gedurende een periode van 1 jaar waren opgenomen, werden iedere 2 weken surveillancekweken afgenomen. Van 435 isolaten van Klebsiella pneumoniae die de zogenaamde blaKPC-carbapenemase (KPC-Kp) herbergden, is een WGS-analyse uitgevoerd. Deze analyse toonde aan dat de standaarddrempel voor de single-nucleotide variant (SNV) om transmissie te definiëren zou leiden tot fout-positieve en fout-negatieve uitslagen.
Naar aanleiding van deze beperkingen van een SNV-drempel gebruikten de onderzoekers een nieuwe benadering voor een drempelvrije transmissieclusterinferentie. Daarbij is elk van de verworven KPC-Kp-isolaten gekoppeld aan het geïmporteerde KPC-Kp-isolaat waarmee het de meeste varianten deelde. Deze aanpak leverde clusters op die varieerden in het niveau van genetische diversiteit. De meeste (81%) unieke events van stamverwerving bleken epidemiologische relaties in het ziekenhuis te hebben.
Bron:
Hawken SE, Yelin RD, Lolans K, et al. Threshold-free genomic cluster detection to track transmission pathways in health-care settings: a genomic epidemiology analysis. Lancet Microbe. 2022 Jul 5. Online ahead of print.